История в игре Rust практически осталась нетронутой. Мы все еще играем агентом Блажкевичем, которого отправляют в мелкий городишко, где жестокие фашисты, прибегая к помощи могущественных артефактов, снова открывают портал в иной мир. Из него они питаются энергией черного солнца, с помощью которого эсэсовцы создают некромантов, невидимок и других мутантов и монстров.
Кроме того, различные плазмаганы и прочие фантастические орудия убийства. Поэтому возникает некоторое преимущество у врага, которое герою придется преодолеть.
Попав в этот город, в первую очередь Блажкевич должен наладить контакт с партизанами, помогая им в изучении артефактов. Взамен сопротивление поможет с улучшением оружия и сверхспособностей героя, которые агент будет получать по сюжету игры.